明太祖朱元璋有二十六個兒子，他因自己出身卑微，當上皇帝后，生怕那些開國元勳“尾大不掉”，將長子立為太子，九子、二十六子早死，其餘二十三個兒子都封王建藩。燕王朱棣、晉王朱𩣱、寧王朱權等率兵駐守北方，抵禦蒙古;周王朱、齊王朱榑等駐於內地各省，監督地方官吏。朱元璋規定，如遇奸臣專權，藩王可以聲討奸臣，甚至可以發兵“清君側”。他的本意是企圖用皇室親戚來維護皇權，殊不知事與願違。
　　皇位理應由朱允炆的父親朱標繼承，朱標作為長子，早就被立為太子。可惜他英年早逝，死於洪武二十五年(1392年)，朱元璋按照嫡長子繼承的原則，把長孫朱允炆立為皇儲。洪武三十一年(1398年)朱元璋病逝，長孫朱允炆即位。出生於洪武十年(1377年)的朱允炆，此時已是一個英姿勃發的青年了，書生氣十足而又溫文爾雅，卻缺少 ​​祖父與叔父們雄才大略的草莽習氣。他在位僅僅四年，就被叔父——燕王朱棣趕下台，禍根是他的祖父朱元璋種下的。
　　朱元璋給兒子們封王建藩，並授予他們“清君側”特權的做法，同樣出身卑微的劉邦也採用過。劉邦建立漢朝後，立即分封同姓諸侯王，作為劉家天下的屏障。出乎意料的是，那些同姓諸侯王野心勃勃，與中央分庭抗禮。漢景帝接受晁錯的“削藩”主張，引來了藩王的反叛——吳楚七國之亂，他們的藉口就是“請誅晁錯，以清君側”。
　　歷史常有驚人的相似之處。建文帝即位後，那些分封於邊疆及內地的藩王們，根本不把這個年輕的侄皇帝放在眼裡，他們個個擁兵自重。建文帝時時感受到有著皇叔身份的藩王們的威脅，不得不與親信大臣齊泰、黃子澄、方孝孺商量削奪藩王的權力。藩王們當然不會坐以待斃，勢力最大的燕王朱棣率先發難，其藉口就是援引“祖訓”:如遇奸臣擅權，藩王可以發兵聲討，以“清君側”。於是，建文元年(1399年)七月朱棣在他的封地起兵，發動了“靖難之役”，藉口是“清君側”，其實是以聲討齊泰、黃子澄為名，矛頭直指建文帝。

建文四年，燕王朱棣攻下當時的首都南京，建文帝下落不明，一說焚死，一說逃亡，究竟如何，眾說紛紜，這就是建文帝生死之謎的由來。
　　燕王朱棣為了奪取帝位，必須宣稱建文帝已經死亡，否則他就不可能稱帝。他在裝模作樣地多次拒絕大臣們的“勸進”之後，終於登上了夢寐以求的皇帝寶座。這樣的做法未免有篡位的嫌疑，要擺脫嫌疑，首先必須否定建文帝的合法性。因此他既不給建文帝應有的諡號，也不承認建文的年號，把建文四年改稱洪武三十五年，表示他不是繼承建文帝的帝位，而是直接繼承太祖高皇帝的帝位。就這樣，他成為明朝的第三代皇帝——明成祖，第二年(1403年)改元為永樂元年。
　　明成祖朱棣為了粉飾奪取帝位的合法性，指使臣下掩蓋歷史真相，銷毀建文時期的政府檔案，禁止關於這一事件的一切記敘。光有掩蓋還不夠，必須篡改歷史。於是，這場政變被描繪成這樣:建文四年六月，“靖難”的軍隊打到南京金川門，“建文君欲出迎，左右悉散，惟內侍數人而已，乃歎曰:'我何面目相見耶!'遂闔宮自焚”。史家的春秋筆法已經顯露無遺，對朱允炆既不稱惠帝，也不稱建文帝，而徑直改稱“建文君”，以表示他並不是帝位的合法繼承人;因為無臉見人，才畏罪自殺。燕王朱棣則顯得高風亮節，捐棄前嫌，立即派遣太監前往救援，無奈來不及，太監把“建文君”的屍體從火中找出，報告燕王，燕王哭著說:果然如此癡呆?我來是為了幫助你做好皇帝，你竟渾然不覺，而走上絕路!這分明是史官的粉飾之言。假如建文帝不“自焚”，也必死無疑。事實上朱棣上台後，對建文帝的親信大臣如齊泰、黃子澄、方孝孺等，展開了一場又一場大屠殺，被人 ​​稱為“瓜蔓抄”。其殘酷的程度可與乃父朱元璋懲處胡惟庸、藍玉黨案相媲美。
　　明末文壇領袖錢謙益的《有學集》中有一篇《建文年譜序》，這樣寫道:他在史局(國史館)工作三十餘年，博覽群書，唯獨對於“建文遜國”(官方對於朱棣奪取帝位的一種標準宣傳口徑)一事，搞不清楚，而傷心落淚。原因有三:一是《實錄》無徵，二是傳聞異辭，三是偽史雜出。因此他稱讚趙士喆所編《建文年譜》，薈萃諸家記錄，再現真相，感人至深，“讀未終卷，淚流臆而涕漬紙”。可見從明初到明末，始終有人在探求建文帝的生死之謎。



就連明成祖朱棣自己也不相信建文帝真的自焚而死。《明史·胡傳》記載，朱棣懷疑建文帝逃亡，派遣戶科都給事中胡，以尋訪仙人張邋遢(張三豐)為名，暗中偵查建文帝的踪跡。胡在外十四年之久，回朝後，把打聽到的民間隱秘與傳聞，向皇帝報告，終於使他的懷疑冰釋。《明史·胡傳》如此寫道:“先，(胡)未至，傳言建文帝蹈海去，帝分遣內臣(太監)鄭和數輩，浮海下西洋。至是，疑始釋。”你看，朱棣如果相信建文帝已經自焚而死，何必如此興師動眾呢?明清史專家孟森在《建文遜國事考》中說:如果建文帝已經自焚而死，“何必疑於人言，分遣胡、鄭和輩海內海外，遍行大索，大索至二十餘年之久?”
　　即使明成祖朱棣的子孫後代也認為建文帝的下落是個謎。明神宗朱翊鈞就是一例。他即位伊始，曾下詔為被殺的建文朝大臣建祠廟祭祀，並頒布《苗裔卹錄》，對他們的後裔給予撫卹。看來他對被明成祖趕下台的建文帝頗有一點追懷敬仰之情。萬曆二年十月十七日，他在文華殿與內閣大學士們談起建文帝的事，提出了一個思慮已久的問題:聽說建文帝逃亡，不知真偽如何?再次提出了明朝的第一號無頭公案。內閣首輔張居正如實回答:我朝的國史沒有記載這件事，聽前朝故老相傳，說靖難之師進入南京城，建文帝化裝逃亡。到了正統年間，有一個老和尚在雲南驛站壁上題詩一首，有“淪落江湖數十秋”之句。御史召見此人詢問，老僧坐地不跪，說:我想葉落歸根。查驗後才知道是建文帝。張居正的這一說法，記載在《明神宗實錄》，與祝允明《野記》所說大體相同，可見在明中晚期，關於建文帝的下落已經不再忌諱，事實的真相逐漸明朗。
　　看來，明人野史關於建文帝逃亡生涯的記載，並非向壁虛構。不妨將其始末簡單勾勒如下。

建文四年六月，建文帝得知南京金川門失守，長吁短嘆，想自殺以謝國人。翰林院編修程濟說，不如出走流亡。少監王鉞跪在地上提醒皇上，高皇帝升天之前，留下一個寶匣，並且交代說，如有大難，可以打開。眾人一起趕到奉先殿左側，打開這個紅色寶匣，但見裡面有度牒三張，分別寫著“應文”、“應能”、“應賢”，裡面還有袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，以及銀元寶十錠。第一張“應文”度牒寫著:“應文從鬼門出，其餘人等從水關御溝而行，薄暮時分在神樂觀的西房會合。”程濟立即為皇上剃去頭髮，換上袈裟、僧帽、僧鞋。吳王教授楊應能表示願意剃度，隨帝流亡;監察御史葉希賢毅然說，臣名賢，無疑就是“應賢”，也剃度改裝隨從。當時在殿上的五六十人痛哭流涕，都表示要隨從流亡。建文帝說，這麼多人一起行動，勢必引起懷疑，決定由九人陪他前往鬼門，在神樂觀乘船至太平門。少頃，楊應能、葉希賢等十三人趕來。一行二十二人開始了流亡生涯。建文帝交代，今後互相以師弟稱呼，不必拘泥君臣之禮。兵部侍郎廖平建議，隨從不必多，更不可多，挑選沒有家室之累又有膂力五人足夠，其餘遙為應援。當場決定楊應能、葉希賢稱為比丘，程濟稱為道人，這三人左右不離建文帝;其餘六人往來道路，運送衣食。第一站來到吳江縣的史彬家中。八月十六日，建文帝與兩位比丘、一位道人同行，其餘人等星散。十月，來到襄陽的廖平家。獲悉跟踪者也已到此，大家商議後便決定前往雲南。
　　明成祖派遣戶科都給事中胡前往西南地區，打著探尋道教宗師張三豐(即張邋遢)的幌子，其實是為了偵查建文帝的下落。消息傳來，建文帝決定遁跡深山。
　　永樂八年三月，工部尚書嚴震以出使安南(即今越南)的名義，至雲南秘密探訪建文帝的踪跡。某一天，嚴震偶然在雲南道中遇到建文帝，兩人相對而泣。建文帝問他:你準備怎麼處置我?嚴震回答:皇上請便，臣自有辦法。夜間，嚴震自縊於驛站。建文帝見踪跡暴露，再次躲進白龍山。
　　長期的野外生活，使得他身心疲憊，顏色憔悴，面容枯槁。到了夏天，又患上痢疾，但因害怕被發現，不敢出山覓食、求醫，狼狽到了極點。這時史彬等三人趕來，境況頓時改善。幾天后，三人離別，抱頭痛哭一場。建文帝交代，今後不必再來，一則道路艱險，二則關津盤查嚴密。



永樂十年三四月間，一直隨從建文帝的楊應能、葉希賢相繼病逝，建文帝收了一名弟子，賜名“應慧”。永樂十四年六月，建文帝足疾發作，程濟進城覓藥，才得痊癒。這使建文帝感到危機時時迫近，便口述流亡的經過，由程濟筆錄，寫成《從亡傳》，建文帝親筆寫了序言，命程濟藏於山岩中。此後幾年，建文帝奔走於雲南、貴州、四川之間。永樂十八年十月，在程濟的陪同下，建文帝登上了峨嵋山，賦詩一首，其中兩句為:“登高不待東翹首，但見雲從故國飛。”流露了他此時此地思念故國的複雜心情。
　　永樂二十二年二月，建文帝東行。十月，在旅店遇到史彬。史彬關切地問起道路起居，建文帝說:近來強飯，精爽倍常。於是同史彬下江南，回到吳江史彬家中。這時史彬的從叔祖史弘從嘉興趕來，在客堂見到老和尚，問史彬:大師從何而來?史彬不答。史弘把史彬拉出，說:此建文皇帝也。史彬矢口否認，史弘說我曾在東宮見到過，是我的救命恩人。史彬只得如實相告。史弘頓首後，哭泣著詢問近況。建文帝說:賴各位從亡者給我衣食，得以周旋於險阻之間。二十年來，戰戰兢兢，今日想來，可以終老了吧!隨後在史弘的陪同下，遊覽天台山，到寧波渡蓮花洋。
　　匆匆間，成祖死，仁宗即位，不到一年，仁宗死，宣宗即位，十年後英宗即位。皇帝已經更換了好幾個。政治環境的變換，是他再現真身的時候了。正統五年(1430年)，正在廣西的建文帝對程濟說，我決意東行。
　　建文帝有文才，流亡中經常詩性大發而賦詩，最著名的一首就是:
　　流落西南四十秋，蕭蕭白髮已盈頭。
　　乾坤有恨家何在?江漢無情水自流。
　　長樂宮中云氣散，朝元閣上雨聲收。
　　新蒲細柳年年綠，野老吞聲哭未休。
　　人們常說，詩言志。從這些詩中，不難體味到一位流亡皇帝的心靈呼聲。巧得很，同寓所的一名和尚，竊得建文帝的詩稿，跑到思恩知州岑瑛那裡，大言不慚地說，我就是建文皇帝!岑瑛大為驚駭，馬上報告藩司。藩司下令把和尚與建文帝一併逮捕，飛章報告朝廷。當朝皇帝下詔:押解回北京。皇帝命御史在宮廷中審訊，那和尚稱:年九十餘，且死，想葬於祖父陵墓旁。御史說:建文君生於洪武十年，現在是正統五年，當六十四歲，何得九十歲?後來查實得知，這和尚名叫楊應祥，鈞州白沙裡人。報告皇帝后，和尚被判處死刑，下錦衣衛監獄關押。建文帝此時把實情告訴了御史，御史秘密上報皇帝，皇帝派曾經服侍過建文帝的老太監吳亮探望虛實。建文帝見到吳亮，脫口而出:你難道不是吳亮?吳亮說:不是。建文帝糾正道:我有一天在便殿就餐，吃子鵝，一片肉掉到地上，你手裡拿著壺，趴在地上把牠吃掉了。還說不是你!吳亮伏地大哭。他知道建文帝左腳趾有黑子，查看後果然，想不到幾十年後能夠見面，痛哭流涕，不能仰視。於是，皇帝下令把建文帝迎入宮中西內養老，宮中人都叫他“老佛”。壽終正寢後，葬於西山，不封不樹。因為很難給他一個名分，所以成為一座無名墓。

　以上是野史根據傳聞描繪的一段失落的史事，建文帝生死之謎，在幾十年以後，終於有了一個真相大白的結果。
　　由於建文時期的檔案史料已被銷毀，《明成祖實錄》又充滿謊言，已經難以核實其正確性究竟有多少。因此清代學者頗多懷疑，例如萬斯同在《明史稿·史例議》中就說:“明代野史之失實，無有如建文遜國一事。” 乾隆時正式出版的《明史》，卷四惠帝紀，在寫了建文帝焚死之後，又加上“由地道出亡”一段文章，依然是一團迷霧。因此現在要確切考證建文帝的下落，猶如霧裡探花，那隻好仁者見仁智者見智了。